近年來曾出現中央與地方間的權限爭議，最有名的案例如各地方政府對於萊豬的規定、台中市政府以自治條例限制台中火力發電廠的排碳量…等政治案件，對於如何處理此等權限爭議，憲法訴訟法第82條規定，地方自治團體之立法或行政機關，因行使職權，認所應適用之中央法規範牴觸憲法，對其受憲法所保障之地方自治權有造成損害之虞者，得聲請憲法法庭為宣告違憲之判決。而中央與地方的權限爭議有二，分別為中央法令侵害地方自治與中央行政行為侵害地方自治。

中央法令侵害地方自治

        此類的侵害是地方政府在行使職權時，受中央所規定之法令所拘束，但該法令屬於地方自治之範疇，法令會造成地方自治權有所損害之可能，此時可以聲請憲法訴訟。而此訴訟的議決門檻需大法官3分之2人出席，總額人數2分之1人同意。

中央的行政行為侵害地方自治

        以下三種情形屬於中央行政行為侵害地方自治權：

一、自治法規，經監督機關函告無效或函告不予核定。

二、其立法機關議決之自治事項，經監督機關函告無效。

三、其行政機關辦理之自治事項，經監督機關撤銷、變更、廢止或停止其執行。

        在發生此三種情形時，地方政府縣需特過行政訴訟救濟，待用盡審級救濟途徑後才可聲請憲法訴訟，而此訴訟提起須於裁判送達後6個月內為之，且須確實對地方自治造成損害之可能。而議決門檻也與上述一樣，需大法官3分之2人出席，總額人數2分之1人同意。